沿革

平成13年4月	学内共同教育研究施設として設置される。専任部門として、極狭線幅光科学研究部門、極短パルス光科学研究部門、量子光科学研究部門を置く。それぞれ、レーザー光の単色性の良さを活用した分子科学研究、レーザーパルスの短時間性を活用した分子科学研究、電磁波のコヒーレンスと高磁場を組み合わせた物性研究を行う。
平成17年4月	研究分野を拡張するため、極狭線幅光科学研究部門をレーザー分子光科学研究部門に改組する。レーザー光の特徴を活かした光分子科学を展開することを目的とする。
平成19年4月	自然科学研究科改組に伴い、自然科学系先端融合研究環分子フォトサイエンス研究センターとなる。
平成28年4月	自然科学系先端融合研究環の改組に伴い、基幹研究推進組織として、分子フォトサイエンス研究センターとなる。
平成29年1月	研究センターの改組を行い、極短パルス光科学研究部門、量子光科学研究部門を、それぞれ、テラヘルツ分子化学研究部門、テラへルツ物性物理研究部門とする。本センターの強み、特色である、テラヘルツ波を用いた分子科学研究を強化することを目的とする。
平成29年4月	公募型共同利用・共同研究事業「テラヘルツ分子科学に関する共同研究拠点（仮称）整備」を開始する。